Indahwatie's Weblog » Uncategorized

Spekulasi kandungan genom prokariotik minimal September 26, 2008 at 1:35 am | In Uncategorized | No Comments Spekulasi kandungan genom prokariotik minimal » Nama: Indah Wati » NIM: B1J006169 » Kelas: A1 » Email: miss_pulsa@yahoo.com » Blog: http://indahwatie.wordpress.com » Jenis Topik: A1-AG10 Sejumlah urutan genom prokariotik sekarang talah diketahui, tetapi belum lengkap untuk mendeskripsikan tentang isi gen pada suatu spesies. Dengan alasan yang sederhana yaitu bahwa fungsi dari beberapa gen belum banyak diketahui. Sebagai contoh, lebih dari 1500 E. Coli K12 gen, fungsinya belum diketahui. Disamping ketidaklengkapan informasi, hal tersebut menarik untuk di teliti tentang peran dan fungsi gennya, serta untuk mengetahui banyaknya gen berbeda yang terlibat pada berbagai aktivitas biokimia dari suatu bakteri seperti E. coli. Mendeskripsikan suatu gen akan lebih menarik apabila dibandingkan antara spesies yang berbeda. Sebagai contoh, bahwa 243 gen yang dikenali di dalam genom E. coli yang dilibatkan dalam metabolisme energi, Haemophilus influenzae hanya mempunyai 112 gen, dan Mycoplasma genitalium hanya 31gen. Perbandingan ini sudah menuju spekulasi tentang jumlah gen yang paling kecil yang diperlukan untuk menetapkan kehidupan suatu sel. Pertimbangan teoritis yang pada awalnya menuju spekulasi adalah 256 gen yang minimum diperlukan ( Mushegian Dan Koonin, 1996), tetapi percobaan untuk meningkatkan angka-angka Mycoplasma gen telah termutasi menjadi 265-350 yang diperlukan ( Hutchison et Al., 1999). Hal tersebut sama di dalam mencari perbedaaan suatu gen yang dijadikan sebagai tanda dari suatu spesies. Dari 470 gen di dalam M. genitalium genome, 350 adalah berada di bakteri Bacillus subtilis ( Doolittle, 1997), yang menyatakan bahwa struktur dan biokimia yang menjadi ciri Mycoplasma dari Bacillus yang disandikan ±120 gen. Daftar Pustaka Brown, T.A (2002) DNA in Genomes, 2nd ed., http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.section.5234 diakses tanggal 25 September 2008 Situs Terkait 1.http://kumbang.net/hakers/siswa2004/xip4/febriyanto/mpe3.swf

A1-6169 Indah — Fri, 26 Sep 2008 02:43:41 +0000

Spekulasi kandungan genom prokariotik minimal
» Nama: Indah Wati
» NIM: B1J006169
» Kelas: A1
» Email: miss_pulsa@yahoo.com
» Blog: http://indahwatie.wordpress.com
» Jenis Topik: A1-AG10

Sejumlah urutan genom prokariotik sekarang talah diketahui, tetapi belum lengkap untuk mendeskripsikan tentang isi gen pada suatu spesies. Dengan alasan yang sederhana yaitu bahwa fungsi dari beberapa gen belum banyak diketahui. Sebagai contoh, lebih dari 1500 E. Coli K12 gen, fungsinya belum diketahui. Disamping ketidaklengkapan informasi, hal tersebut menarik untuk di teliti tentang peran dan fungsi gennya, serta untuk mengetahui banyaknya gen berbeda yang terlibat pada berbagai aktivitas biokimia dari suatu bakteri seperti E. coli.
Mendeskripsikan suatu gen akan lebih menarik apabila dibandingkan antara spesies yang berbeda. Sebagai contoh, bahwa 243 gen yang dikenali di dalam genom E. coli yang dilibatkan dalam metabolisme energi, Haemophilus influenzae hanya mempunyai 112 gen, dan Mycoplasma genitalium hanya 31gen. Perbandingan ini sudah menuju spekulasi tentang jumlah gen yang paling kecil yang diperlukan untuk menetapkan kehidupan suatu sel. Pertimbangan teoritis yang pada awalnya menuju spekulasi adalah 256 gen yang minimum diperlukan ( Mushegian Dan Koonin, 1996), tetapi percobaan untuk meningkatkan angka-angka Mycoplasma gen telah termutasi menjadi 265-350 yang diperlukan ( Hutchison et Al., 1999). Hal tersebut sama di dalam mencari perbedaaan suatu gen yang dijadikan sebagai tanda dari suatu spesies. Dari 470 gen di dalam M. genitalium genome, 350 adalah berada di bakteri Bacillus subtilis ( Doolittle, 1997), yang menyatakan bahwa struktur dan biokimia yang menjadi ciri Mycoplasma dari Bacillus yang disandikan ±120 gen.

Daftar Pustaka
Brown, T.A (2002) DNA in Genomes, 2nd ed., http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.section.5234
diakses tanggal 25 September 2008

Situs Terkait
1.[FLASH] struktur sel

Mutagenesis pada “leucine gate” untuk dasar penyelidikan dari kemampuan katalitik di dalam Soluble Metana Monooxygenase.

A1-6169 Indah — Wed, 21 May 2008 04:34:06 +0000

Soluble Metana Monooxygenase (sMMO) dari methan-oxidizing bakteri adalah suatu multikomponen nonheme oxygenase yang secara alami mengoxidasi gas metana ke metanol dan dapat juga cooxidize suatu cakupan luas keberadaan substrat, mencakup mono- dan hidrokarbon diaromatic. Leucine 110, di sisi lokasi yang aktip di dalam subunit α hidroksilase komponen sMMO, telah diusulkan untuk bertindak sebagai suatu gerbang untuk mengendalikan akses substrat kepada lokasi yang aktif. Kristalografi yang sebelumnya wild-type sMMO telah menandai sedikitnya dua penyesuaian enzim yang mempunyai ” leucine gate” terbuka bagi luas berbeda, dan mutagenesis sepancaran enzim telah menandai suatu peran untuk residu ini di dalam pengawasan daerah substrat dan daerah selektif dengan substrat aromatik. Dengan memperluas sistem lebih lanjut untuk ungkapan sepancaran sMMO yang kita yang dikembangkan sebelumnya, kita telah mampu disiapkan bidang mutasi langsung dan tepat pada posisi 110α subunit sMMO. Semua mutants (dengan gly, Cys, Arg, dan Tyr, yang berturut-turut, pada posisi ini) menunjukkan relaksasi daerah selectif membandingkan kepada jenis yang liar dengan substrat monoaromatik dan biphenyl, mencakup penampilan produksi baru timbul dari hidroksilasi pada posisis 2- dan 3- di atas cincin benzen. Mutants dengan Arg yang lebih besar dan Trp residu pada posisi 110 juga menunjukkan pergeseran dalam daerah selektif selama naphthalen hidroksilasi dari posisi 2- ke posisi 1-. Tidak ada bukti yang mutagenesis dari Leu 110 dapat mengijinkan substrates sangat besar untuk memasuki lokasi yang aktif telah ditemukan, bagaimanapun, mutant ( seperti jenis yang liar) adalah non-aktif ke arah hidrokarbon yang triaromatik anthracene dan phenanthrene.
Jadi, hasil penelitian menunjukkan bahwa “leucine gate” di dalam sMMO lebih penting mengendalikan ketepatan daerah selectif dibandingkan dengan ukuran substrat yang dapat masuk lokasi aktif.

Nama : Indah Wati
NIM : B1J006169
e-mail : miss_pulsa@yahoo.com
Blog : indahwatie.wordpress.com
Referensi :
Elena Borodina, Tim Nichol, Marc G. Dumont, Thomas J. Smith, and J. Colin Murrell
Mutagenesis of the “Leucine Gate” To Explore the Basis of Catalytic Versatility in Soluble Methane Monooxygenase
Appl. Envir. Microbiol. 2007 73: 6460-6467. [Abstract] [Full Text] [PDF]

Hello world!

A1-6169 Indah — Sun, 23 Mar 2008 04:11:13 +0000

Welcome to WordPress.com. This is your first post. Edit or delete it and start blogging!